Sejarah Fakultas Peternakan Universitas Diponegoro bermula pada tahun 1962, tatkala Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Prof. Dr. Ir. Thojib Hadiwidjaja menyarankan kepada Presiden Universitas Diponegoro pada waktu itu, Mr. Soedarto, untuk mendirikan Fakultas Peternakan. Saran tersebut timbul setelah melihat kenyataan bahwa Jawa Tengah memiliki potensi peternakan yang cukup besar dan oleh karenanya perlu dikembangkan. Guna pengembangan peternakan dibutuhkan tenaga-tenaga ahli yang terdidik dan terlatih melalui pendidikan di perguruan tinggi, yaitu pada Fakultas Peternakan. Di sisi lain, pada saat itu belum satu pun perguruan tinggi yang ada di Jawa Tengah memiliki Fakultas Peternakan, dan kalaupun ada baru merupakan salah satu Jurusan, pada Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada di Yogyakarta.

Saran baik tersebut ditanggapi oleh Mr. Soedarto selaku Presiden Universitas Diponegoro yang kemudian melakukan pendekatan kepada berbagai pihak. Setelah beberapa waktu lamanya, dibentuklah Panitia Persiapan Pendirian Fakultas Peternakan Universitas Diponegoro dengan Surat Keputusan Menteri PTIP Nomor 37 Tahun 1963. Adapun susunan Panitia tersebut terdiri dari : Drh. Soejono Koesoemowardojo, Inspektur Kepala Dinas Kehewanan Provinsi Jawa Tengah selaku Ketua; Drs. Lts. Soetopo Andar, Perwira Kesdam selaku Sekretaris, serta sebagai anggota masing-masing Drh. Rustandi Danumihardja, Kepala Dinas Kehewanan Karesidenan Semarang dan R. Suprapto, Kepala Dinas Pertanian Provinsi Jawa Tengah.

Banyak masalah yang dihadapi panitia, antara lain : masalah biaya, tenaga pengajar, ruang kuliah, laboratorium beserta peralatannya. Namun berkat keuletan dan kesungguhan panitia serta dukungan berbagai instansi pemerintah maupun swasta, tahap demi tahap masalah yang ada dapat diatasi. Maka dengan surat tertanggal 17 Juli 1964, berdirilah Fakultas Peternakan Universitas Diponegoro sejak tanggal 1 September 1964.